À l'époque précédant la création des villages ninjas, les ninjas étaient organisés en petits clans de mercenaires qui ne savaient rien faire, à part combattre. Parmi les clans ninjas innombrables, le Clan Uchiwa et le Clan Senju étaient les plus forts. Après beaucoup de sang versé, le clan Senju voulut faire une trêve avec les Uchiwa. Madara Uchiwa, alors chef du clan Uchiwa, s'opposa alors à cette trêve, mais fut forcé de l'accepter sous la pression de la majorité des Uchiwa fatigués par les guerres incessantes. Les Senju, les Uchiwa, et les clans conquis par les Uchiwa, en se réunissant, feront naitre Konoha. Hashirama Senju, alors le chef des Senju, utilisa ses Jutsu Mokuton afin de construire beaucoup de bâtiments. C'est pour cette raison qu'il fut nommé «Shodaime Hokage».
Craignant que les Senju, ayant un contrôle complet sur Konoha, en profitent pour renverser les Uchiwa, Madara essaya de créer une rébellion des Uchiwa contre les Senju. Mais les Uchiwa refusèrent de continuer à verser leur sang, laissant à Madara l'obligation de combattre seul. Il fut finalement vaincu à la Vallée de la Fin où on le crut mort durant le combat. Puis Konoha eut la puissance de Kyûbi, et, pour contenir sa puissance, le village choisit comme hôte de Kyûbi les membres du Clan Uzumaki, avec qui les Senju et donc le reste de Konoha avaient des liens étroits. Hashirama donna d'autres Bijûs en sa possession à d'autres villages nouvellement formés pour promouvoir la paix. Ce fut de courte durée.