L'Académie Ninja (忍者 学校,) est le centre de formation de Konoha pour les ninjas en devenir. Elle fut fondée par Tobirama Senju, le Nidaime Hokage. Une fois leur diplôme en poche, les apprentis ninjas peuvent devenir Genins.

Les salles de classe dans l'académie sont grandes et ont de hauts plafonds, basées sur une théorie que les plus grandes salles de classe menaient à un enseignement large, en expansion, même au tableau lui-même. Devant le tableau noir se trouve un podium, situé loin des bureaux des élèves et mis dans une position où l'enseignant peut surveiller tout le monde à la fois. Les conditions d'admission à l'Académie de Konoha est d'aimer le village et d'être dans l'espoir d'aider et de préserver la paix et la prospérité. Avoir un esprit qui ne cédera pas, capable de supporter la formation et le travail dur. Être en bonne santé dans l'esprit et le corps. Si les conditions ci-dessus sont remplies, l'admission à l'Académie est accordé. À part les leçons évidentes qu'on apprendrait d'une Académie Ninja, tous les élèves reçoivent des connaissances essentielles, telles que savoir lire et écriture, et sont aussi enseignés les mathématiques, les sciences, la géographie, etc. Sakura Haruno et Ino Yamanaka suivirent également des cours ninjas spéciaux, où elles apprirent des choses sur les autres cultures et comment la connaissance des choses comme l'arrangement de fleurs les aideraient à se fondre dans l'environnement lors d'une mission d'infiltration. Les étudiants doivent aussi étudier les règles Shinobis. Des cours spéciaux donnés par des Shinobis très expérimentés sont parfois tenus.
Groupe de jeunes s'entraînant au lancer
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Enseignés par des instructeurs Chûnins, tous les ninjas potentiels sont formés sur les tactiques et stratégies. On leur enseigne les rudiments de l'élaboration de pièges aussi bien que dans le renforcement physique et spirituel. Elles sont apprises par la manipulation d'armes ninjas et d'outils, comme les shurikens et les kunaïs, et l'apprentissage du lancer et à s'exercer sur cible. Les étudiants de l'Académie sont également formé au sujet du chakra et comment l'utiliser, les signes de mains et les niveaux de base du :

Taijutsu : les cours servent d'équivalent à l'Académie Ninja de cours d'éducation physique. En cours de Taijutsu, les élèves participent à des activités physiques pour aider à former leur corps et à développer leur endurance.
Ninjutsu : les cours fournissent l'essentiel de ce que les ninjas potentiels apprennent à l'Académie. Le sujet du Ninjutsu englobe les techniques qui utilisent du chakra et permet à l'utilisateur de faire quelque chose que ce qu'il serait autrement incapable de faire. Des techniques telles que la technique de métamorphose et de la Technique de Clonage sont enseignés aux élèves de l'Académie qui les prépareront à ce qu'ils apprendront de leurs Jônin-senseis.
Genjutsu : les cours ne sont pas donnés, sauf bien sur pour expliquer ce qu'est le Genjutsu. Lors de l'apprentissage du Genjutsu, les étudiants sont invités à déterminer s'ils sont piégés dans un Genjutsu, et puis la façon de se libérer.

L'obtention du diplôme de l'Académie se compose généralement de réussir un examen écrit et un examen pratique, qui est administré par un instructeur Chûnin et de gagner suffisamment de points pour passer. Après leurs études, les étudiants reçoivent un bandeau frontal, la preuve de leur réussite. Les diplômés sont ensuite séparés en équipes de trois Genins sous la responsabilité d'un Jônin-sensei pour les instruire davantage. À ce stade, ils seront testés à nouveau par leur professeur Jônin pour déterminer s'ils sont en mesure de réussir les missions qui leurs seront faites en tant que ninja (c'est-à-dire la dynamique du travail d'équipe). Les élèves qui ne réussissent pas les critères énoncés par leurs Chûnin-sensei peuvent être retenu pour une autre année. Toutefois, les étudiants qui réussissent les tests définis par leur Chûnin-sensei, mais qui plus tard échouent lors des tests administrés par leur Jônin-senseis attribué, peuvent être renvoyé à l'académie ou autre, en fonction de leur performance, selon le jugement porté par leur Jonin-sensei. Bien que les étudiants ne sont formés qu'à l'utilisation des Genjutsus de niveau de base, Ninjutsu et Taijutsu, la connaissance de ces techniques ne sont finalement pas essentielles à leur succès en tant que ninja, Naruto Uzumaki, qui n'avait pas réussi les Technique de Clonage, une technique de rang E, mais pouvait sans effort effectuer le Clonage de l'Ombre, une technique de rang B (niveau Jônin).
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Les obtentions de diplômes varient d'une académie à l'autre. À Konoha, l'examen d'études est composé d'une sorte d'épreuve écrite, ainsi que la vérification des compétences d'un étudiant dans les techniques de base. Certains détails sur les autres académies des autres Village Ninja ont également été décrits: L’Académie de Suna : Peu de choses ont été dites au sujet du programme précédent, mais au cours des épisodes hors-série pré-Shippûden finaux, dans la partie I de l'anime, il a été révélé que l'Académie Ninja de Suna a adopté un nouveau programme de formation qui imitait le même programme de l'Académie Ninja de Konoha, et dans la partie II, la réussite du nouveau programme de formation fut commenté. L’Académie de Kiri : À un moment donné de son passé, l'examen final comprenait des combats de tous les diplômés de l'Académie Ninja les uns contre les autres dans un combat à mort, avec les gagnants/survivants diplômés. C'était une méthode pour éradiquer les émotions pour favoriser l'efficacité au combat et c'était pour cette raison que le village de Kiri était surnommé «le Village de la Brume Sanglante». Après que Zabuza Momochi, pas encore lui-même élève, s'imposa dans la lutte et abattit tous les élèves de cette année, la pratique fut abandonnée en faveur de méthodes plus humaines et moins meurtrières.